Ҳамлаҳои пайвастаи истилогари испанӣ Дон Нуньо Белтран де Гузман ба сӯи заминҳои ғарбии кишвар, бо мақсади афзун кардани ҳокимият ва қудрати худ бар он қаламравҳо, дар натиҷа як вилояти нав бо номи Малакути Галисияи Нав таъсис ёфт.
Дар ин минтақа гурӯҳҳои гуногуни бумӣ зиндагӣ мекарданд, ки доимо маҳалҳои аҳолинишинро, ки испанҳо дар он бунёд карда буданд, хароб мекарданд. Лейтенанти Нуно де Гузман, капитан Хуан Б. де Онате амр дод, ки ин музофотҳоро ором кунад ва Вилла де Гуадалахараро дар маҳалли Ночистлан пайдо кунад, ки ин фактро 5 январи соли 1532 содир кардааст. Бо назардошти ҳамлаҳои бумӣ ба шаҳр. ба ӯ лозим омад, ки пас аз як сол ба Тонала ва баъдтар ба Тлакотлан кӯч бандад. Интиқоли сеюм барои ҳалли шаҳр дар водии Атемажак, ки дар он шаҳр 14 феврали соли 1542 бо ҳузури Кристобал де Онате ба ҳайси губернатори Галисияи Нав ва Дон Антонио де Мендоза бунёд ёфтааст, интиқол дода шуд, сипас ҷонишини Испанияи Нав, ки Мигел де Ибарраро шаҳрдори ва лейтенант губернатор таъин кард.
Шаҳр босуръат рушд кард ва бо рақобат бо Компостела (имрӯз Tepic), ки он замон макони қудратҳои динӣ ва шаҳрвандӣ буд, рақобат карданро оғоз намуд, то сокинони Гвадалахара ба мақомоти Аудиенсия чунин фишор оварданд, ки подшоҳ Фелипе II қарор кард, ки аз 10 майи соли 1560 шаҳодатнома дода, аз Компостела ба Гвадалахара, собор, суди шоҳӣ ва шахсони мансабдор гузарад.
Сохтори шаҳрӣ мувофиқи дигар шаҳрҳои мустамлика ба нақша гирифта шуда буд, бинобар ин тарҳбандии он дар шакли тахтаи шатранҷ аз майдони Сан Фернандо таҳия карда шуд. Баъдтар маҳаллаҳои Мексикалтзинго ва Аналко аз ҷониби Фрей Антонио де Сеговия ва маҳаллаи Мезкиттан, ки яке аз қадимтарин маҳаллаҳост, таъсис дода шуданд. Хонаҳои шаҳрдорӣ низ дар назди маъбади ҳозираи Сан Агустин ва аввалин калисои калисо, ки Қасри Адлия ҷойгир аст, сохта шуданд.
Имрӯз, шаҳри боҳашамат, ки дар биноҳои мустамлика фаровон аст, миқдори зиёди намунаҳои меъмории мувофиқро, ба монанди Собор, як макони ҳатмӣ, ки солҳои 1561 ва 1618 аз ҷониби меъмор Мартин Касильяс сохта шудааст, ба намоиш гузоштааст. Услуби ӯ ҳамчун барокоти ибтидоӣ тасниф карда шудааст. Сохтори мустаҳками он дар назди имрӯзаи Плаза де Гвадалахара бо манораҳои кунҷковии худ баланд мешавад, ки гарчанде ки онҳо ба услуби аслии бино мансуб набошанд ҳам, дар айни замон ҳамчун рамзи пойтахти Гвадалахара шинохта шудаанд. Манораҳои ибтидоӣ дар асри 19 дар натиҷаи зилзила хароб шуданд, аз ин сабаб иморатҳои имрӯза илова карда шуданд. Дохили маъбад ба услуби нимготикӣ, аз ҷумла анборҳои он, ки аз тӯр сохта шудаанд, ҷойгир аст.
Дигар қитъаҳои мазҳабии асри 16 монастри Сан-Франсиско мебошанд, ки соли 1542 дар наздикии дарё, дар маҳаллаи Аналко таъсис ёфта, дар Реформасия тақрибан хароб шудаанд. Маъбади он, ки дар охири асри 17 таъмир шуда буд, бо фасади барокашии хатҳои сулаймонии хоксор нигоҳ дошта шудааст. Монастыри Сан-Агустин, ки соли 1573 аз ҷониби Фармони Роялии Фелипе II таъсис ёфтааст ва дар ҳоли ҳозир маъбади худро бо намунааш бо хатҳои шадиди Эррериан ва дохили онро бо анборҳои қабурдагӣ нигоҳ медорад.
Санта-Мария-де-Грасия, яке аз дигар бунёдҳои ибодатгоҳ, аз ҷониби роҳибони Доминикан аз Пуэбла ишғол карда шуд, ки соли 1590 дар назди Плаза де Сан Агустин сохта шуда, маблағи онро Эрнан Гомес де ла Пенья пардохт кардааст. Сохтмон шаш блокро ишғол кард, гарчанде ки имрӯз танҳо маъбади он боқӣ мондааст, ки бо фасади неоклассикии нимаи дуюми асри 18 мавҷуд аст.
